In un documento del 1571 un benedettino inviato dai marchesi Centurione a verificare le condizioni dell’abbazia, descrivendo il chiostro scrisse “sarebbe bene che quei preti che lo abitano ogni tanto lo nettassero e sterpassero perché sia luogo da cristiani e non da bestie”. Di quel chiostro, abbattuto dai bombardamenti, non restavano tracce visibili perché tutta l’area fu ricoperta con i detriti della guerra e solo dopo lo scavo archeologico è riemerso il pozzo centrale che raccoglieva le acque piovane e le convogliava nel fiume. Sotto la pavimentazione in ciottoli dei due camminamenti rinvenuti nei lati sud ed est sono state scavate alcune tombe medievali privilegiate, essendo tali le sepolture nei chiostri, luoghi di preghiera e meditazione. Su suggerimento e progetto dell’architetto Mariella Zoppi il chiostro ospita oggi un giardino con le piante della Bibbia ed un’aiuola con piante aromatiche e medicinali curate dal professor Romano Capineri. Agli inizi del 1200 il chiostro fu rinnovato con l’intervento del costruttore e scultore Oberto Ferlendi e nel corso delle ricerche sono stati recuperati alcuni capitelli ora esposti all’interno del museo.
